La historia se desarrolla en un planeta donde la situación política es muy mala, existe una guerra entre la dos únicas naciones el Imperio y la República. El imperio trata de volver a absorber a la República dentro de sus dominios, así que no hay más futuro que una guerra sin cuartel para que exista un ganador.

Pero en una parte de la República, existe un pequeño poblado llamado Colonia Window, existe un niño de 14 años llamado Bang Freiheit cuyo sueño más grande es el de convertirse en el mejor conductor de Zoids. Ahí comienza la historia.

En el día del aniversario de la muerte de su padre, Bang se encuentra explorando el desierto, pero se encuentra con unos bandidos y es perseguido. Para salvarse se esconde en unas ruinas, se adentra en ellas y encuentra dos cápsulas, para su sorpresa de una de ellas sale un Zoid salvaje y lo nombra Zeke, en honor al Zoid de su padre.